Sequencing Network Netherlands SARS-CoV2 (SeqNeth)

Al vroeg in het verloop van de COVID-19 pandemie is Nederland begonnen met het monitoren van SARS-CoV2 varianten met behulp van ‘whole-genome sequencing’ (WGS).

Lees meer >>

Save the date:
Op 27-29 Januari 2025 wordt wederom de 3-daagse "Basiscursus Implementatie van WGS in de Medische Microbiologie" georganiseerd in Utrecht. 

Inschrijving volgt binnenkort.

 

LOG IN OF REGISTREER

SARS-CoV2 heeft duidelijk gemaakt dat coördinatie van regionale en nationale genomic surveillance en response op opkomende infectieziekten noodzakelijk is.

Wat is SeqNeth?

SeqNeth is het acroniem voor Sequencing Network Netherlands waarmee het netwerk wordt bedoeld van Nederlandse microbiologische laboratoria waar sequentie analyse wordt uitgevoerd ten behoeve van moleculaire surveillance en uitbraak onderzoek van pathogenen. SeqNeth is in opdracht van het ministerie voor Volksgezondheid, Welzijn en Sport (VWS) opgericht begin 2021 in het kader van de COVID-19 pandemie.

Waarom sequentie analyse?

In het begin van de pandemie werd er gestart met sequentieanalyse van het genoom van SARS-CoV2 Doel hiervan was onder meer het verkrijgen van inzicht in nieuwe introducties, verspreiding van varianten, transmissieketens, het optreden van herinfecties of vaccin doorbraken en uitbraken in ziekenhuizen, verpleeghuizen en andere plaatsen in een gemeenschap. Sequentie analyse is breder toepasbaar dan alleen voor SARS-CoV2, en kan ook een belangrijke bijdrage leveren aan monitoring en uitbraakbestrijding van andere pathogenen. Recent voorbeeld hiervan is de MPX virus uitbraak onder MSM (mannen die seks hebben met mannen hebben). Maar sequentie analyse kan bijvoorbeeld ook gebruikt worden voor voorspelling van gevoeligheid van M. tuberculosis complex voor antibiotica, en heeft daarmee ook een rol in de infectieziekten diagnostiek en behandeling.

Waarom een netwerk?

Het doel van dit netwerk is het inrichten van een flexibele en opschaalbare organisatie die gezamenlijk en tijdig microbiologische sequentie data verzamelt en deelt ten behoeve van publieke gezondheid, patiëntenzorg en wetenschap. Het netwerk was belangrijk voor de bestrijding van SARS-CoV-2 maar kan in de toekomst ook relevant zijn bij andere ‘emerging infections’. Behalve delen van sequentie data is het ook de bedoeling dat binnen het netwerk kennis snel gedeeld kan worden om bijvoorbeeld typerings-assays aan te kunnen passen wanneer dat nodig is. Daarnaast is het netwerk uitermate geschikt voor regionale surveillance en het in kaart brengen van regionale uitbraken in instellingen, waarbij regionale laboratoria lokale GGD’s ondersteunen bij uitbraakbestrijding, maar data ook nationaal ter beschikking komen. Daarnaast verzorgt het netwerk trainingen om WGS capaciteit in Nederland te vergroten. Ambitie voor de toekomst is om samen met bestaande Nederlandse sequensnetwerken voor diverse pathogenen, één geïntegreerd netwerk voor sequentie analyse van micro-organismen te vormen.

Blokken

Informatie uitwisselen en kennis delen door laboratoria en publieke gezondheidsinstituten samen te brengen.

Trainingen

Ook in 2024 zal SeqNeth in het kader van de HERA incubator weer verschillende WGS trainingsmogelijkheden aanbieden. Op 25-27 Maart 2024 wordt een 3-daagse cursus georganiseerd in Utrecht. Deze “Basiscursus Implementatie van WGS in de Medische Microbiologie” richt zich sterk op de toepassing van WGS in de publieke gezondheidszorg en de infectiepreventie en is bedoeld voor een breed publiek, variërend van microbiologisch analisten, medisch (moleculair) microbiologen (in opleiding), artsen infectieziektebestrijding en deskundigen infectiepreventie. In de cursus zal de gehele keten van sequentie analyse (opwerken van materiaal, bioinformatische analyse, interpretatie van fylogenetische bomen voor de analyse van uitbraken) voor een verscheidenheid aan pathogenen aan bod komen.

Naast deze “theoretische” training is er in 2024 opnieuw de mogelijkheid om ook een praktische training te volgen in één van de SeqNeth laboratoria. Het zwaartepunt in deze praktische training ligt bij het uitvoeren, analyseren en interpreteren van WGS data. Inhoud van deze praktische trainingen zal per laboratorium verschillen.  Meer informatie hierover volgt januari / februari 2024.

B

Implementatie van WGS in de Medische Microbiologie

Basiscursus

25-27 maart 2024

Utrecht

Meer info

P

WGS

Praktijk

Mei/Juni/Juli 2024

Op verschillende locaties

Meer info

Stuurgroep & Partners

De SeqNeth stuurgroep wordt voorgezeten door RIVM en heeft vertegenwoordigers uit de twee genoemde referentielabs, Amsterdam UMC, Dienst Testen (VWS), GGD en leden van het NVMM bestuur, WDMI en de NWKV.

RIVM: Riny Jansen, Mariëtte Edema, Heddy de Wijs en Anoek Backx (Hera-coördinator).

ErasmusMC: Richard Molenkamp (Hera-coördinator trainingen) & Marion Koopmans

Amsterdam UMC: Janke Schinkel (Hera-coördinator trainingen en NWKV) & Menno de Jong

NVMM bestuur: Paul Savelkoul & Suzan Pas

Dienst Testen: Marielle Kievit

GGDen: Ewout Fanoy & Ariene Rietveld