Sequencing Network Netherlands SARS-CoV2 (SeqNeth)

Al vroeg in het verloop van de COVID-19 pandemie is Nederland begonnen met het monitoren van SARS-CoV2 varianten met behulp van ‘whole-genome sequencing’ (WGS).

Doel hiervan is om de genetische veranderingen van het virus binnen Nederland te volgen en te kunnen inspelen op verandering in bijvoorbeeld ziekmakende of verspreidingseigenschappen van het virus. In eerste instantie werd het sequensen ten behoeve van surveillance, uitbraakonderzoek en patiënten diagnostiek gedaan door het WHO/ECDC referentie centrum bij het ErasmusMC en later ook bij IDS/RIVM, tevens WHO/ECDC referentiecentrum.

Met het doel het sequensen flexibel en schaalbaar te kunnen organiseren ten dienste van publieke gezondheid, patiëntenzorg en wetenschap is in opdracht van het Ministerie voor Volksgezondheid, Welzijn en Sport (VWS) per februari 2021 het Sequencing Network Netherlands SARS-CoV2 (SeqNeth) in het leven geroepen. Dit netwerk verenigt de krachten van laboratoria en eindgebruikers zoals GGDs in de publieke gezondheidszorg. Het netwerk bestaat onder andere uit zo’n 15 uitvoerende sequencing labs voor de kiemsurveillance die samen goed zijn voor meer dan 27.000 sequenties (maart 2022).  Daarnaast werken veel labs samen met GGDs om deze met sequencing te ondersteunen bij response op uitbraken.

De SeqNeth stuurgroep wordt voorgezeten door RIVM en heeft vertegenwoordigers uit de twee genoemde referentielabs, Amsterdam UMC, Dienst Testen (VWS), GGD en leden van het NVMM bestuur, WDMI en de NWKV. SeqNeth is in het leven geroepen in het kader van de COVID-19 pandemie, maar het doel is de preparedness voor bedreigingen van de publieke gezondheid te vergroten door de nationale sequence en respons infrastructuur te versterken. .

Europese subsidie voor Nederland vanuit de “Health Emergency Preparedness and Response Authority (HERA) Incubator”

Ook de Europese Commissie zet in op de capaciteit van landen om de nieuw ontstane of circulerende SARS-CoV2 varianten te kunnen oppikken en monitoren. Europa werkt daarmee toe naar toekomstige routinematige genoomsurveillance van infectieziekten. In dit kader wordt er vanuit de Health Emergency Preparedness and Response Authority (HERA) Incubator een subsidie verstrekt aan Nederland. Nederland gebruikt dit om sequencing capaciteit te genereren op het  Caraïbische deel van het koninkrijk, de BES en de CAS eilanden, en om het technische en juridische voorbereidende werk uit te voeren, zodat in de toekomst de uitwisseling van informatie tussen de verschillende partijen en niveaus soepeler kan verlopen. Daarnaast zal de subsidie ingezet worden om WGS-kennis en kunde ten behoeve van de publieke gezondheid binnen Nederland naar een gelijk niveau te brengen en verder te vergroten via trainingen. Het RIVM coördineert het programma, maar SeqNeth is via enkele stuurgroepleden verantwoordelijk voor het coördineren en organiseren van de WGS-trainingen. De trainingen zelf worden gegeven door een groot aantal SeqNeth Partners in hun eigen laboratorium.