Achtergrond

Al vroeg in het verloop van de COVID-19 pandemie is Nederland begonnen met het monitoren van SARS-CoV2 varianten met behulp van ‘whole-genome sequencing’ (WGS). Doel hiervan is om de genetische veranderingen van het virus binnen Nederland te volgen en te kunnen inspelen op verandering in bijvoorbeeld ziekmakende of verspreidingseigenschappen van het virus. In eerste instantie werd het sequensen van SARS-CoV-2 ten behoeve van surveillance, uitbraakonderzoek en patiënten diagnostiek gedaan door het ErasmusMC en later ook bij IDS/RIVM, beiden tevens  WHO/ECDC referentiecentrum;  later zijn ook andere laboratoria gaan meehelpen met genereren van sequens data .

Met het doel het sequensen flexibel en schaalbaar te kunnen organiseren ten dienste van publieke gezondheid, patiëntenzorg en wetenschap is in opdracht van het Ministerie voor Volksgezondheid, Welzijn en Sport (VWS) per februari 2021 het Sequencing Network Netherlands SARS-CoV2 (SeqNeth) in het leven geroepen. Dit netwerk verenigt de krachten van laboratoria en eindgebruikers zoals GGD’en in de publieke gezondheidszorg. Het netwerk bestaat onder andere uit zo’n 15 uitvoerende sequenslaboratoria die samen goed zijn voor meer dan 60.000 van de 166.000 sequenties in de Nationale Kiemsurveillance (november 2023) .  Daarnaast werken veel laboratoria samen met GGD’en om deze met sequensen te ondersteunen bij respons op uitbraken.

SeqNeth is in het leven geroepen in het kader van de COVID-19 pandemie, maar uiteindelijk doel van dit netwerk is het vergroten van de preparedness voor bedreigingen van de publieke gezondheid door de nationale sequens- en responsinfrastructuur te versterken. Vanaf 1 januari 2024 wordt de financiering voor het aanleveren van data door SeqNeth laboratoria in het kader van de SARS-CoV-2 kiemsurveillance, stopgezet. RIVM blijft op beperkte schaal SARS-CoV-2 monsters sequensen. Echter, SeqNeth zal worden voortgezet en verder uitgebouwd: SeqNeth is een belangrijke partner voor het RIVM voor wat betreft de inrichting van een nationale laboratium-gebaseerde surveillance database, LabSentiNL (spreek uit als labsentinel).

Deze heeft als doel het bundelen van sequentiedata en andere testresultaten zoals PCR en antimicrobiële resistentie ten behoeve van zowel nationale als regionale surveillance en uitbraakbestrijding. Daarnaast speelt SeqNeth een belangrijke rol bij het verder opbouwen van sequenscapaciteit en expertise in Nederland en het Caraïbische deel van het koninkrijk, de BES en de CAS eilanden.

De SeqNeth stuurgroep wordt voorgezeten door RIVM en heeft vertegenwoordigers uit de twee genoemde referentielaboratoria, Amsterdam UMC,GGD en leden van het NVMM bestuur, WDMI en de NWKV. 

Europese subsidie voor Nederland vanuit de “Health Emergency Preparedness and Response Authority (HERA) Incubator”

Ook de Europese Commissie zet in op het bestendigen en uitbouwen van de nationale sequens- en responsinfrastructuur zoals deze tijdens de COVID-19 pandemie is opgezet voor uitbraakonderzoek en voor het monitoren van SARS-CoV2 varianten. Europa werkt daarmee toe naar toekomstige routinematige genoomsurveillance van infectieziekten. In dit kader wordt er vanuit de Health Emergency Preparedness and Response Authority (HERA) Incubator een verstrekt aan Nederland. Nederland gebruikt deze subsidie om sequenscapaciteit te genereren op het Caraïbische deel van het koninkrijk, de BES en de CAS eilanden, en om in de toekomst de uitwisseling van informatie tussen de verschillende partijen en niveaus soepeler te laten verlopen. Daarnaast zal de subsidie ingezet worden om WGS-kennis en kunde ten behoeve van de publieke gezondheid binnen Nederland naar een gelijk niveau te brengen en verder te vergroten via trainingen. Het RIVM coördineert het programma, maar SeqNeth is via enkele stuurgroepleden verantwoordelijk voor het coördineren en organiseren van de theoretische en practische WGS-trainingen. De trainingen zelf worden gegeven door een groot aantal SeqNeth Partners deels in hun eigen laboratorium.