In deze meerdaagse praktische training wordt op een SeqNeth lab het hele proces van sequencing, analyse, fylogenie en interpretatie doorlopen. Aan de hand van routine sequencemonsters en onder begeleiding van ervaren laboratorium medewerkers, bioinformatici en wetenschappers wordt u in staat gesteld om op elk onderdeel in detail “hands-on” ervaring op te doen.
De trainingen zullen plaats vinden in de maanden Mei, Juni, Juli 2024, kijk hier voor de inhoud van de training op de verschillende locaties (inschrijving gesloten).
1: @Radboudumc
17+18+20 juni
De afdeling medische microbiologie van het Radboudumc biedt een praktische training aan waarbij de focus ligt op identificatie (determinatie) en resistentie analyse van bacteriële pathogenen. Hierbij is de mogelijkheid -afhankelijk van de interesse – om mee te kijken met
- 16S RC-PCR amplicon sequencing in combinatie met Illumina Nextseq500 voor de identificatie/determinatie van bacteriële micro-organismen.
- Een agnostische workflow op basis van nextera library preparation, waarna met behulp van Illumina Nextseq500 gesequenced wordt. Deze methode wordt ingezet voor de determinatie en subtypering van Mycobacteriën (focus i.v.m. NL referentielab functie), en tevens voor resistentie analyse en/of uitbraak analyse van non-mycobacteriële (bijzonder resistente) micro-organismen.
De laatste dag van de training zal focussen op het verwerken van de uitslagen met behulp van bioinformatische analyses (pipelines en/of commerciële software), waarbij -afhankelijk van de interesse- meer in diepte ingegaan zal worden of de kwaliteitsparameters waaraan sequencing data moet voldoen, de benodigde (data)infrastructuur, alsmede waarom en welke (bioinformatische) tools worden gebruikt.
2: @ErasmusMC
19 t/m 21 juni
De afdeling Viroscience van het ErasmusMC biedt een praktische training aan met de focus op virologische analyses op basis van amplicon sequencing (Nanopore of Illumina). Afhankelijk van de interesse kan de focus liggen op:
- Influenza virussen
- SARS-CoV2
- Mpox
Naast amplicon-gebaseerde NGS kan er ook training plaatsvinden op virale metagenomics.
De trainingen bestaan uit een gedeelte laboratorium werk en een gedeelte (bioinformatische) analyse en interpretatie. De training sluit goed aan bij de eerder gehouden 3-daagse theoretische training. Exacte invulling vindt plaats in overleg met geïnteresseerden.
3: @MaastrichtUMC
5 t/m 7 juni
De afdeling medische microbiologie, infectieziekten en infectiepreventie van het MUMC biedt een praktische training aan waarbij de focus ligt op whole genome seuqntie analyse van bacteriën. Analyse van uitbraken en resistentie gen analyse van bacteriële pathogenen zijn hier de belangrijkste focus. Hierbij is de mogelijkheid -afhankelijk van de interesse – om mee te kijken met 2 verschillende workflows:
- Een workflow op basis van Nanopore sequencing: library preparation specifiek voor deze toepassing en uitleg voor welke microorganismen deze workflow toepasbaar is.
- Een workflow op basis van nextera library preparation, waarna met behulp van Illumina MiSeq gesequenced wordt. Deze methode wordt ingezet voor de determinatie en subtypering van diverse bacteriele species voor resistentie analyse en/of uitbraak analyse
De laatste dag van de training zal focussen op het verwerken van de uitslagen met behulp van bioinformatische analyses (in-house pipelines en commerciële software). Ook zal er aandacht zijn voor de kwaliteitsparameters waaraan sequencing data moet voldoen en de impact als daar niet aan voldaan wordt. De benodigde (data)infrastructuur en (bioinformatische) tools zullen ook verder worden toegelicht.
4: @AmsterdamUMC
14+15 mei
De afdeling Medische Microbiologie en Infectiepreventie van het AmsterdamUMC biedt een praktische training aan met de focus op virologische analyses binnen de moleculaire diagnostiek, op basis van amplicon sequencing (Nanopore). Afhankelijk van de interesse kan de focus liggen op:
- Virus typering (moleculaire epidemiologie)
- Antivirale resistentie
De trainingen bestaan uit een gedeelte laboratorium werk en een gedeelte (bioinformatische) analyse en interpretatie. De training sluit goed aan bij de eerder gehouden 3-daagse theoretische training. Exacte invulling vindt plaats in overleg met geïnteresseerden.
5: @UMC Utrecht
1+2 juli
De afdeling Medische Microbiologie van het UMC Utrecht biedt een praktische training aan gericht op whole genome sequencing en/of (resistentie) typering van virale verwekkers, in het bijzonder Sars-CoV-2 en HIV op het Genexus systeem. De sequencing procedures op dit systeem zijn gebaseerd op amplicon sequencing en maken gebruik van Ion-Torrent chemie.
Het Genexus platform is gericht op volledig geautomatiseerde uitvoering van het gehele sequencing proces inclusief de data-analyse en kan alszodanig worden uitgevoerd door moleculair getraind personeel zonder uitgebreide training in NGS technieken en/of bio-IT.
Tijdens de cursus zal het sequencing proces van begin tot eind worden uitgevoerd, zullen de resultaten worden doorlopen aan de hand van kwaliteitscriteria, data-analyse en diagnostisch/epidemiologisch gebruik van de resultaten.