Sequencing Network Netherlands SARS-CoV2 (SeqNeth)

Al vroeg in het verloop van de COVID-19 pandemie is Nederland begonnen met het monitoren van SARS-CoV2 varianten met behulp van ‘whole-genome sequencing’ (WGS).

Lees meer >>

START TRAININGEN: NAJAAR 2022

LOG IN OF REGISTREER VOOR MEER INFORMATIE

SARS-CoV2 heeft duidelijk gemaakt dat coördinatie van regionale en nationale genomic surveillance en response op opkomende infectieziekten noodzakelijk is.

Wat is SeqNeth?

SeqNeth is het acroniem voor Sequencing Network Netherlands waarmee het netwerk wordt bedoeld van Nederlandse microbiologische laboratoria waar sequentie analyse wordt uitgevoerd van SARS Coronavirus type 2 (SARS-CoV2) . SeqNeth is in opdracht van het ministerie voor Volksgezondheid, Welzijn en Sport (VWS) opgericht begin 2021. Op dit moment hebben al een aantal Nederlandse laboratoria expertise op het gebied van sequentieanalyse van SARS-CoV-2.

Waarom sequentie analyse?

Sequentieanalyse van het genoom van SARS-CoV2 wordt sinds het begin van de pandemie uitgevoerd. Doel hiervan is onder meer het verkrijgen van inzicht in nieuwe introducties, verspreiding van varianten, transmissieketens, het optreden van herinfecties of vaccin doorbraken en uitbraken in ziekenhuizen, verpleeghuizen en andere plaatsen in een gemeenschap. Met het ontstaan van varianten die mogelijk besmettelijker zijn, de immuniteit ontwijken of andere veranderde eigenschappen vertonen wordt de genetische karakterisering van SARS-CoV-2 steeds belangrijker.

Waarom een netwerk?

Het doel van dit netwerk is het inrichten van een flexibele en opschaalbare organisatie die gezamenlijk en tijdig SARS-CoV2  sequentie data verzamelt en deelt ten behoeve van publieke gezondheid, patiëntenzorg en wetenschap. Het netwerk is belangrijk bij de bestrijding van SARS-CoV-2 maar kan in de toekomst ook relevant zijn bij andere ‘emerging infections’. Behalve delen van sequentie data is het ook de bedoeling dat binnen het netwerk kennis snel gedeeld kan worden om bijvoorbeeld typerings-assays voor de detectie van varianten aan te kunnen passen wanneer dat nodig is. Daarnaast is het netwerk uitermate geschikt voor regionale surveillance en het in kaart brengen van regionale uitbraken in instellingen, waarbij regionale laboratoria lokale GGD’s ondersteunen bij uitbraakbestrijding, maar data ook nationaal ter beschikking komen. Daarnaast verzorgt het netwerk trainingen om WGS capaciteit in Nederland te vergroten.

Blokken

Informatie uitwisselen en kennis delen door laboratoria en publieke gezondheidsinstituten samen te brengen.

Trainingen

In het kader van de HERA incubator zal SeqNeth de komende maanden WGS-trainingen organiseren voor microbiologische laboratoria en GGDs op verschillende plekken in Nederland. Deze trainingen zullen expliciet gericht zijn op toepassingen in de publieke gezondheid en zowel een praktisch als een theoretisch deel kennen en de hele keten van sequentie analyse omvatten: van opwerken van materiaal, tot bioinformatische analyse pijplijn en interpretatie van fylogenetische bomen voor de analyse van uitbraken.

T1

WGS laboratorium

Online

Meer info

T2

Bioinformatica

11 Oktober 2022

Utrecht

Meer info

T3

Fylogenie en Interpretatie

21-22 Sept 2022

Amsterdam

Meer info

P1

SARS-CoV2 WGS

Sept/okt 2022

in regio

Meer info

Stuurgroep & Partners

De SeqNeth stuurgroep wordt voorgezeten door RIVM en heeft vertegenwoordigers uit de twee genoemde referentielabs, Amsterdam UMC, Dienst Testen (VWS), GGD en leden van het NVMM bestuur, WDMI en de NWKV.

RIVM: Riny Jansen, Mariëtte Edema & Heddy de Wijs

ErasmusMC: Richard Molenkamp & Marion Koopmans

Amsterdam UMC: Janke Schinkel (namens NWKV) & Menno de Jong

NVMM bestuur: Paul Savelkoul & Suzan Pas

Dienst Testen: Marielle Kievit

GGDen: Ewout Fanoy & Ariene Rietveld