Trainingen
In het kader van de HERA incubator zal SeqNeth de komende maanden WGS-trainingen organiseren voor microbiologische laboratoria en GGDs op verschillende plekken in Nederland. Deze trainingen zullen expliciet gericht zijn op toepassingen in de publieke gezondheid en zowel een praktisch als een theoretisch deel kennen en de hele keten van sequentie analyse omvatten: van opwerken van materiaal, tot bioinformatische analyse pijplijn en interpretatie van fylogenetische bomen voor de analyse van uitbraken.
Voor meer informatie per training dien je eerst in te loggen.
WGS laboratorium
Theorie
Online
In deze theoretische training wordt in gegaan op de laboratorium procedures voor WGS van SARS-CoV2. Welke methoden zijn er en welke sequencing platforms worden gebruikt? Welke eisen kunnen worden gesteld aan voorbehandeling van monsters en hoe wordt de library prep gedaan? En natuurlijk nog veel meer. Deze training is in eerste instantie bedoeld voor laboratorium medewerkers, artsen-microbioloog en (medisch) moleculair biologen, maar staat ook open voor andere geïnteresseerden. Deze training wordt online gegeven in de vorm van enkele webinars.
Bioinformatica
Theorie
11 Oktober 2022
Utrecht
In deze training wordt aan de hand van voorbeelden uitgelegd hoe verschillende bioinformatische pipelines voor SARS-CoV2 werken. Welke pipelines zijn er al, wat heb je daarvoor nodig en waar moet je op letten? Deze training wordt verzorgd door middel van enkele presentaties aangevuld met een praktische werkgroep op locatie waar “hands-on” met praktijkvoorbeelden kan worden geoefend onder begeleiding van bioinformatici. De training is bedoeld voor laboratorium medewerkers, artsen-microbioloog, (medisch) moleculair biologen en andere geïnteresseerden die graag wat meer willen weten over de bioinformatische processen om van ruwe data tot een betrouwbare sequentie te komen.
Fylogenie en Interpretatie
Theorie
21-22 Sept 2022
Amsterdam
In deze training wordt uitgelegd wat je nu eigenlijk kunt doen met sequentie informatie. Hoe worden fylogenetische (verwantschap) analyses gedaan en welke conclusies kun je daar wel of niet uit trekken? Hoe wordt fylogenie gebruikt voor surveillance doeleinden en hoe wordt fylogenie gebruikt bij het identificeren van clusters? Hoe kunnen fylogenetische analyses bijdragen aan respons bij uitbraken? Deze training is bedoeld voor 'eindgebruikers' die zich bezig houden met uitbraak onderzoek binnen en buiten het ziekenhuis en nog weinig ervaring hebben met fylogenetische analyses.
SARS-CoV2 WGS
Praktijk
Sept/okt 2022
in regio
In deze meerdaagse praktische training wordt op een SeqNeth lab in uw regio het hele proces van sequencing, analyse, fylogenie en interpretatie doorlopen. Aan de hand van routine sequencemonsters en onder begeleiding van ervaren laboratorium medewerkers, bioinformatici en wetenschappers wordt u in staat gesteld om op elk onderdeel in detail “hands-on” ervaring op te doen. Na het beëindigen van deze training bent u in staat om, eventueel met ondersteuning, WGS voor SARS-CoV2 te implementeren.
De trainingen zullen plaats vinden in de maanden September en Oktober 2022