Descartes centrum,
Matthias van Geunsgebouw
Bolognalaan 2, 3584 CJ Utrecht  

Dag 1

maandag 25 maart 2024

Viraal WGS

Van sample tot resultaat

Opening en Welkom
Richard Molenkamp en Janke Schinkel (Coördinatoren WP 6 Hera2)

Introductie in WGS
Sander van Boheemen (Erasmus MC)

Nanopore sequencing voor virus typering
Marcel Jonges (Amsterdam UMC)

Introductie bio-informatica
Ellen Carbo (Amsterdam UMC)  en Boas van der Putten (RIVM)

Analyse van viraal WGS met commerciële software
Suzan Pas (Radboud MC)

Introductie in fylogenie
Jelle Koopsen (GGD Amsterdam)

WGS en fylogenetische analysis ten behoeve van publieke gezondheid en infectiepreventie: Transmissie van SARS-CoV-2 in nertsenfokkerijen en binnen ziekenhuizen
Bas Oude Munnink (Erasmus MC)

Dag 2

Dinsdag 26 maart 2024

Bacterieel WGS

van sample tot resultaat

Whole genome sequencing van bacteriën met Illumina
Sebastien Matamoros (Amsterdam UMC)

Laboratorium infrastructuur en kwaliteit
Robin van Houdt (Amsterdam UMC)

Algemene bioinformatica voor analyse van bacteriën
Casper Jamin (Maastricht UMC) en Pieter Koopman (Radboud MC)

Hoe moet ik mijn bioinformatische structuur opzetten?
Karim Hajji (RIVM) en  Florian Zwagemaker (RIVM)

Toegevoegde waarde van WGS voor bacteriële pathogenen binnen en buiten het ziekenhuis
Lieke van Alphen (Maastricht UMC)

Valkuilen bij het toepassen van WGS voor bacteriële pathogenen: cases
Lieke van Alphen, Suzan Pas en Robin van Houdt

Dag 3

Woensdag 27 maart 2024

Toepassingen van WGS

in publieke gezondheid en infectiepreventie

Metagenomisch sequensen in rioolwater: het ‘urban sewage’ project
Nathalie Worp (ErasmusMC)

WGS in het kader van de Influenza surveillance
Ron Fouchier (ErasmusMC)

WGS bij voedsel gerelateerde uitbraken
Eelco Franz (RIVM)

Sampling (test) bias in moleculaire surveillance
Alvin Han en Simon de Jong (Amsterdam UMC)

Aantonen van virus in feces samples van Hematopoïetische stamceltransplantatie patiënten met behulp van “Targeted sequence capture metagenomics” (ViroCap)
Rob Schuurman (UMC Utrecht)

Virus WGS ten behoeve van internationale publieke gezondheid
Richard Molenkamp (ErasmusMC)

SARS-Cov-2 transmissie bij zorgmedewerkers
Jelle Koopsen (GGD Amsterdam)

WGS in het kader van eliminatie van HCV
Janke Schinkel (Amsterdam UMC)

WGS bij Mpox
Matthijs Welkers (Amsterdam UMC)

WGS bij een VRE uitbraak
Sebastien Matamoros (Amsterdam UMC)

WGS voor Candida auris
Joanna Rhodes (Radboud MC)

Paneldiscussie

Aan de hand van enkele stellingen/vragen discussiëren we verder over wat er afgelopen drie dagen aan bod is gekomen. De stellingen/vragen volgen nog maar denk bijvoorbeeld aan: 

  1. Wanneer is het nu echt zinvol om te sequensen?
  2. Hoe moet dat (regionaal) met alle belanghebbenden georganiseerd worden?
  3. Is WGS wel kosteneffectief?
  4. Hoe rapporteer je aan ‘eindgebruikers’?

Afsluiting en netwerk borrel

P

WGS

Praktijk

Mei/Juni 2024

Op verschillende locaties

Meer info